Wzniesiono go na terenie dawnego portu, w pobliżu miejskiego młyna, z przeznaczeniem na magazynowanie zboża. Jego lokalizacja nie była przypadkowa – bliskość rzeki Iny ułatwiała transport i przeładunek towarów.
Do rozładunku i załadunku wykorzystywano specjalny dźwig umieszczony na szczycie wschodniej ściany budynku. Przez kolejne stulecia Spichlerz służył przede wszystkim do przechowywania zboża. Jedynie w XVIII w. zmienił swoje przeznaczenie, stając się królewskim magazynem soli. Po pewnym czasie powrócił jednak do swojej pierwotnej funkcji.
Budynek, podobnie jak wiele innych stargardzkich zabytków, poważnie ucierpiał podczas II wojny światowej. Prace prowadzone w latach 70. XX w. przywróciły mu dawną formę i pozwoliły zaadaptować go na cele gastronomiczne. Obecnie Spichlerz jednak nie jest już użytkowany.
